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Desmond Tutu, españoles, y distancia genética.

Anonim

Ya que hemos estado hablando de Fst bastante, pensé que sería bueno ponerlo en una perspectiva gráfica concreta. Primero, revisar Fst en el contexto genético mide la proporción de variación genética que se puede atribuir a las diferencias de población. Para dar un ejemplo de "juguete" si dividió aleatoriamente la población de una gran aldea sueca en dos grupos, y calculó su Fst, debería ser ~ 0, porque si selecciona aleatoriamente de una población no estructurada por definición, no debería haber Notables entre las diferencias de población. En contraste, si comparas un pueblo sueco con un pueblo japonés, una gran fracción de la variación genética será distinta para cada población. Alrededor de aproximadamente el 10% de la variación genética, de hecho, estará entre los dos grupos. Muchos de los genes serán extremadamente informativos, de modo que si conoce el estado alélico de un individuo determinado, puede predecir con un alto grado de certeza de qué población era ese individuo (por ejemplo, SLC24A5 y EDAR ). Un pequeño conjunto de alelos informativos ancestrales produciría una secuencia de probabilidades condicionales de certeza extremadamente alta (del orden de 10 genes para estas dos poblaciones debería ser suficiente, quizás tres para el "trabajo gubernamental").

Pero para poner esto en perspectiva, y mostrar cómo la variación genética difiere de un lugar a otro, pensé que compararía los valores de Fst a escala continental con los de una pequeña región, el sur de África. Los valores de Fst para la primera que obtuve de la Investigación de la estructura fina de las poblaciones europeas con aplicaciones para estudios de asociación de enfermedades, y la segunda, los genomas completos Khoisan y Bantu del sur de África. El Bantú en este caso es Desmond Tutu, que es de la tribu Xhosa, y tiene una mezcla sustancial de las poblaciones no Bantú que residían en Sudáfrica antes de la llegada del Bantus.

Primero, en formato tabular:


EspañaSueciaRusiaJapón
Francia0.00080.00230.00370.1116
España0.00470.00590.1118
Suecia0.00250.1095
Rusia0.1057
Japón


KB1NB1TK1MD8Desmond Tutu
KB10.0210.0240.0220.08
NB1-0.0070.0060.091
TK10.0160.088
MD80.061

En segundo lugar, dos gráficos de barras adyacentes. En primer plano, simplemente tomo las comparaciones de la población entre Eurasia y España, mientras que en el fondo, Desmond Tutu es la referencia para los cuatro bosquimanos.

De alguna manera, esta comparación es una exageración de la variación en los genes africanos. Las poblaciones de bosquimanos y bantúes tienen orígenes muy distintos, ya que estos últimos se extendieron por el este y el sur de África solo en los últimos 2, 000 años. La brecha cultural entre los bosquimanos y los bantúes es una brusca discontinuidad y, a pesar del flujo genético, también es, en cierta medida, genética. Pero hay otros factores que frenan Fst en este caso. Primero, Tutu es de ascendencia khoisana parcial (de los cuales hay otros grupos además de los bosquimanos), por lo que su distancia genética probablemente sea menor que la de una tribu zulú, que presumiblemente ha tenido menos mezcla con las poblaciones indígenas, siendo un un poco más lejos del borde de la "ola de avance" demográfico. En segundo lugar, los chips genéticos están orientados hacia las poblaciones de Eurasia, y presumiblemente extrañan las variantes específicas del africano, y en particular de los bosquimanos, porque no fueron a buscar.

Mi propia confusión sobre estos temas la semana pasada ilustra, supongo, la dificultad de mapear estos patrones abstractos y, sin embargo, materialmente concretos en categorías humanas. Pero muy a menudo luchando con las dificultades en el camino más seguro hacia la iluminación.

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